Visi dan misi Pondok Pesantren Putri Khodijah Pekanbaru adalah sebagai berikut :
Visi
- Mendidik seluruh santriwati menjadi seorang muslimah yang mengamalkan agama islah secara sempurna.
- Mengajarkan anak putri kaum muslimin/muslimah memahami agama dengan benar sesuai dengan pamahaman para sahabat.
Misi
Menjadi muslimah yang mengamalkan agama dengan benar.